In den 60er Jahren, nach dem Wiederaufbau ging es den Bundesbürgern allgemein finanziell gut und Freizeitgestaltung spielte wieder eine Rolle. Es war die Zeit, wo man sich auch wieder mal etwas gönnen wollte. Zu dieser Zeit experimentierte ein gewisser Rudolf Eberhardt, von Beruf Maschinenschlosser, in seinem Keller mit dem in dieser Zeit noch recht unbekannten Werkstoff Kunstharz. Er arbeitete zusammen mit seinem Arbeitskollegen Wolfgang Tiersch an dem Bau eines Jollenkreuzer auf Basis einer Form aus Gips.

So entstand 1964 die erste Neptun überhaupt womit auch praktisch der Grundstein der Werft gelegt war. Schon die ersten Modelle waren ein großer Erfolg, so dass die anfängliche Kellerproduktion im Hause Eberhardt von der Kapazität nicht mehr ausreichte. Die kleine Zwei-Mann-Werft zog also nach Bielefeld um. In einer Scheune eines Bauern wurden dort neue Modelle wie die Neptun 14, 15 und die Neptun 17 aufgelegt.

Nach dem Erfolg dieser Modelle zog die Werft, die Mittlerweile schon 10 Mitarbeiter beschäftigte, 1967 nach Lage. Dort wurden erstmals die Neptun-Modelle 210 und 212 gebaut. Hier wurden auch die Weichen für ein weiteres sehr ambitioniertes Neptun-Modell gestellt: die Neptun 22. Mit Hilfe des Ingenieurs Anton Miglitsch wurde die sogenannte Neptun 22 Miglitsch entworfen und im Herbst 1968 erstmals gebaut. Dieses Modell brachte einen zu diesem Zeitpunkt ungeahnten Ansturm auf die Werft, sodass bald weitere Modelle wie die Neptun 26, 29 und später eine Neptun 24, mit der Gerhard Diekow den Atlantik in 28 Tagen überquerte, folgten.

Aus lizenztechnischen Gründen konstruierte 1973 Bootsbaumeister Lothar Leichtfuß die Neptun 22 Backdecker mit Hubdach. Den Erfolg dieses Modells konnte damals noch niemand erahnen, denn heute wissen wir, dass die Neptun 22 Backdecker unangefochten die meistverkaufe Yacht ihrer Klasse ist.

Die Werftkapazitäten waren nunmehr mit über 180 Mitarbeitern auch in Lage ausgereizt, so dass ein neues Werk 1973 in Warburg gegründet wurde. Neue Modelle wie die Neptun 25 mit Hubdach und die Neptun 27 wurden konstruiert. Das Grundkonzept der trailerbaren und vor allem bezahlbaren Boote ging auf. Dem damaligen Trend entsprechend und der großen Nachfrage Genüge zu tun, wurde 1976 ein Werk in Tunesien gegründet, in dem zusätzlich zur Produktionsstätte in Lage die Neptun 22 hergestellt wurde. Nach Entwicklung der Neptun 31 wurde auch dieses Modell dort gebaut.

Leider stellte sich das bald als Fehler heraus, denn der Standort in Tunesien war den hohen Qualitätsansprüchen der Neptun-Werft und deren Kunden nicht gewachsen. Zahlreiche Material- und Verarbeitungsfehler traten auf, so dass der Standort Tunesien aufgrund des hohen logistischen Aufwands und der zahlreichen Reklamationen wieder geschlossen wurde. Die komplette Fertigung wurde dann Anfang 1978 wieder nach Deutschland zurück geholt und siedelte sich an einem neuen Standort in Lemgo an. Fortan wurde die 22er und 31er ausschließlich wieder in Deutschland produziert. Die Qualität hatte wieder den alten hohen Standard erreicht und Reklamationen gingen drastisch zurück. Ende 1978 kam es zu einer allgemeinen Absatzkrise in der gesamten Bootsbaubranche. Dies zwang die Neptun-Werft die Modellreihe unter Beibehaltung aller deutschen Standorte von 8 auf 4 Schiffstypen zu verringern. Weitere Rationalisierungsmaßnahmen mussten eingeleitet und Mitarbeiter freigestellt werden. Der Innenausbau wurde nach Rheda Wiedenbrück an die damalige Firma Sailing Crew vergeben. Damaliger Inhaber der Fa. Sailing Crew war Jürgen Ernst.

Alle Rationalisierungsversuche zum Trotz musste die damalige Neptun Boote GmbH dann Anfang 1980 Insolvenz anmelden. Die Söhne Rudi, Waldemar sowie Tochter Annette Eberhardt versuchten mit einer Neugründung der Neptun-Yachten Eberhardt KG die Werft nochmals zu retten. Durch weitere Rationalisierungsmaßnahmen und Aufgabe des Standortes in Lage, konnte die Werft vorerst gerettet werden. Die bestehende Modellreihe von nunmehr 5 Typen wurde auf die Standorte Lemgo und Warburg verteilt. Werftinterne Probleme ließen dieses Vorhaben bereits 4 Jahre später scheitern, sodass die Werft schließlich verkauft wurde und ein Inhaberwechsel stattfand.

Die damalige Firma Sailing Crew die bis zu diesem Zeitpunkt alle Innenausbauten für alle Modelle durchgeführt hatten, und die immer noch von Jürgen Ernst als Inhaber geleitet wurde, übernahm alle Original-Formen und Namensrechte für Namen und Zeichen sowie Geschmacksmuster und Patentrechte. Die Standorte Warburg und Lemgo wurden nach Rheda-Wiedenbrück verlagert. Strukturelle Veränderungen des Ausbaues sowie Änderungen an einigen Modellen erbrachten schnell den erhofften Erfolg. In den folgenden Jahren wurden die Modelle Neptun 22, 23, 25, 27 und 31 in Serie und ab 1985 auch in individueller Ausstattung gebaut. Später sollten auch Yachten überholt und repariert werden.

Im Jahre 1985 konstruierte Thorsten Ernst, Sohn des damaligen Inhabers des Familienunternehmens, zusammen mit dem Bootsbaumeister Lothar Leichtfuß und Jürgen Ernst, die erste Heckverlängerung für eine Neptun 27. Diese Modellüberarbeitung sollte sich auf alle Modelle übertragen, so dass in den Folgejahren viele Neptun-Yachten mit Heckverlängerungen in den unterschiedlichsten Arten ausgestattet wurden.

Die damalige Geschäftsänderung mit Schwerpunkt auf Renovierung, Wartung, Instandsetzung und Pflege setzte sich durch. Seit dieser Zeit werden auch wieder 4 Modelltypen als Neubauyachten mit individuellen Ausbaustufen angeboten. 2006 wurde der Betrieb in der dritten Generation an Pascal Ernst, Sohn von Thorsten Ernst, übergeben, der ihn bis heute erfolgreich leitet.